A feladatok bővülése az intézet osztályait is jelentős mértékben érintette; a katonai feladatok elsődlegessége mellett egyes, a civil lakosság egészségügyi ellátása érdekében biztosított szolgáltatások is elérhetővé váltak. Az említett szolgáltatások -  más egészségügyi szolgáltatókkal összehasonlítva - rövid várakozási idővel, a betegek igényeit a lehető legteljesebb mértékben szem előtt tartva vehetőek igénybe, természetesen, a megfelelő szakmai előkészítést, egyeztetést követően.

Az intézet egyes osztályai az alábbi feladatokat hajtják végre:

Járóbeteg Szakrendelések:

A rendelőintézeti szakrendelések széles szakmai profillal, jól felkészült, tapasztalt szakorvosokkal, asszisztensekkel végzik gyógyító munkájukat. 12 szakma időre történő berendeléssel, programozott vizsgálatokkal szolgálja betegeink kényelmét. A sok szakma jelenlétének és a rendelők együttműködésének köszönhetően a bekerülő betegek vizsgálata és kezelése széles tevékenységi körben, hatékonyan biztosított. Jól felszerelt rendelők és diagnosztikai egységek vesznek részt az ellátásban (egy részük beutalóval és/vagy előjegyzéssel): Belgyógyászat, Ideggyógyászat, Elektrofiziológia, Gasztroenterológia - Endoszkópia, Reumatológia/Fizikoterápia, Aneszteziológia, Általános és Baleseti Sebészet, Fül-orr-gégészet és Audiológia, Fogászat, Bőrgyógyászat, Szemészet, Elmegyógyászat, Kardiológia. Az ellátást Klinikai Laboratórium és Képalkotó Diagnosztikai osztály (Ultrahang diagnosztika, Röntgen) segíti. A Kardiológiai szakrendelésen szív ultrahang, terheléses vizsgálatok és EKG Holter vizsgálatok elvégzésére van lehetőség. Mozgásszervi betegségek kezelésére komplex fizikoterápia (elektroterápia, gyógytorna, masszázs) áll rendelkezésre a balneoterapia mellett. Radiológiai diagnosztika terén az ultrahang és röntgen állnak betegeink rendelkezésére. Műtét előtt állók részére teljes körű un. preoperatív (műtét előtti) kivizsgálást az Aneszteziológia szakrendelő irányításával végezzük, egynapos sebészeti és más műtéti ellátások, illetve más intézetek számára is. Az előbbi szakrendelés kúraszerű infúziós kezeléseket is végez a megfelelő szakmák ajánlásai és előzetes egyeztetés alapján, továbbá 24 órás EKG és vérnyomás mérésre is van lehetőség. A Sebészeti szakrendelésen kisebb műtéti beavatkozások elvégzésére az ambuláns műtő áll rendelkezésre, szükség esetén rövid altatásban. Ideggyógyászat keretén belül elektrofiziológiai vizsgálatok (EEG, ENG, EMG, BERA) elvégzésére is lehetőség van. Az Endoszkópia szakrendelés a korszerű gasztroenterológiai vizsgálati lehetőségekkel rendelkezik, úgy mint gyomor, nyombél, vastagbél tükrözéses vizsgálatok. Fül-orr-gégészeti Szakrendelésen klinikai hallásvizsgálat is rendelkezésre áll. Fogászati ellátás csak az igényjogosultak részére elérhető.

Egynapos Sebészet:

Repülőorvosi Alkalmasságvizsgáló Osztály:

Az osztály fő profilja a repülőorvosi alkalmassági vizsgálatok végzése. A szorosabb értelemben vett szuperszonikus, szállítógép- és helikopter vezetőkön túl ide tartoznak a helikopteren és szállítógépen szolgálatot teljesítő operátorok, fedélzeti technikusok, ejtőernyősök, légiforgalmi irányítók, továbbá a repülőgép működésében nem résztvevő, fedélzeten szolgálatot teljesítők, például a MEDEVAC és a kutatómentő tagjai, illetve a repülőgép vezető jelöltek. Itt történik továbbá a repülő műszaki állomány, a honvédségi  tűzszerészek, búvárok és nem utolsósorban a honvédség kiemelt vezetőállományának éves egészségügyi szűrése. Polgári repüléshez szükséges egészségügyi vizsgálatok is történnek itt, minden Egészségügyi Osztályban, az intézményünk bázisán működő, szigorú Európai Uniós (EASA - Európai Repülésbiztonsági Ügynökség) jogszabályok szerint akkreditált Polgári Repülőorvosi Központ (AMC) keretén belül. E tekintetben az infrastruktúra, az orvosi eszközpark és a Magyarországon csak itt működő magasság élettani berendezések birtokában egyedülálló módon tehát gyakorlatilag a teljes katonai és polgári repüléshez szükséges egészségügyi palettát lefedi a vizsgálati lehetőségekkel.

Funkcionális Diagnosztikai és Fizikai Alkalmasságvizsgáló Osztály:

Magassági-élettani Osztály és barokamra:

Az osztály  a Repülő Orvosi Bizottság által hozzánk utalt személyeknek ( hajózók, ejtőernyősök, az utasszállítás folyamán ilyen jellegű problémával érintett civil páciensek is lehetnek) végzi el a nyomásváltozással összefüggő terheléses vizsgálatokat, úgy mint a zuhanó próbát (hirtelen nyomásnövekedésre fellépő, a csontos falu légtartalmú üregek károsodására való hajlam felderítéséért), valamint a magassági hipoxiás vizsgálatokat 5500 m és 7600m - 8000m-s magasságban, a repült gép típunak megfelelően. Továbbá végzi a repülő-hajózó állomány, a földi kiszolgáló személyzet, civil pilóták, a szakrendelők és háziorvosi körzetek által küldött polgári betegek, valamint a speciális katonaállomány non-invazív kardiológiai, terheléses EKG, szívultrahang és HOLTER, ABPM (ambuláns vérnyomásméréses) vizsgálatait. Végrehajtja a pilóták és egyéb repülőfedélzeti személyek hypoxia, nyomásváltozás kapcsán szükséges vizsgálatait, tűrőképességének magállapítását.

Katonai Alkalmasság-vizsgáló Osztály:

Az osztály végzi a katonai szolgálatra jelentkezők, a honvédek, a honvéd tisztjelöltnek, a honvéd altisztjelöltnek jelentkezők, a honvédségi ösztöndíjasnak jelentkezők, továbbá az önkéntes tartalékos katonák, valamint a külszolgálatra jelentkező, rendvédelem állományába tartozók egészségi alkalmassági vizsgálatát a vonatkozó szabályzók alapján.

Koordinációs és Adatfeldolgozó Osztály:

Az Osztály fő feladata a vonatkozó szabályzók alapján az elsőfokú pályaalkalmassági vizsgálatok tervezése és szervezése, továbbá a vizsgálatokhoz szükséges adminisztráció előkészítése és az elkészült pályaalkalmasság-vizsgálati lapok kivonatainak postázása. Nyilvántartja a keletkezett dokumentumokat és ezzel kapcsolatban adatbázist működtet. Kiemelt figyelmet fordít a különböző vizsgálati típusok lehetőség szerinti összehangolására. Jelentéseket, statisztikákat készít elő és dolgoz fel. Tervezi, szervezi és biztosítja a vizsgálatokra berendelt állomány napi vizsgálati rendjét. Munkáját az egyes osztályokkal (katonai alkalmasság-vizsgáló, pszichológiai, továbbá funkcionális diagnosztikai és fizikai alkalmasság-vizsgáló) összehangolva végzi. 

Pszichológiai Osztály:

A pszichológiai osztályon folyó katonai alkalmasság vizsgálatokra katonai állományba vételnél, katonai oktatási intézményekbe és külföldi tanfolyamokra jelentkezőknél, speciális beosztásba kerülőknél (búvár, ejtőernyős, tűzszerész), külföldi katonai szolgálatra tervezett állománynál és külföldi szolgálatról visszaérkezők esetében, valamint speciális beosztású katonák (repülő-hajózó állomány, tűzszerészek, ejtőernyősök, búvárok, légiforgalmi irányítók) éves szűrésekor, és a különböző alakulatoktól érkező soron kívül kért pszichológiai vizsgálatok elvégzésekor kerül sor.  A pszichológiai alkalmasság vizsgálat a képesség-, személyiség- és mentális teljesítmény vizsgálata mellett kiterjed a motiváció és a pályakép feltérképezésére is. Az osztály egyéb feladatai közé tartozik a járóbeteg ellátásban való részvétel, valamint a lőfegyver viselési engedélyhez szükséges pszichológiai vizsgálatok lefolytatása.