A feladatok bővülése az intézet osztályait is jelentős mértékben érintette; a katonai feladatok elsődlegessége mellett egyes, a civil lakosság egészségügyi ellátása érdekében biztosított szolgáltatások is elérhetővé váltak. Az említett szolgáltatások -  más egészségügyi szolgáltatókkal összehasonlítva - rövid várakozási idővel, a betegek igényeit a lehető legteljesebb mértékben szem előtt tartva vehetőek igénybe, természetesen, a megfelelő szakmai előkészítést, egyeztetést követően.

Az Intézet funkcionális egységei:

• Vezető állomány
• Repülőorvosi Alkalmasságvizsgáló Osztály (RAVO)
• Katonai Alkalmasságvizsgáló Osztály (KAVO); - Koordinációs és Dokumentációs Alosztály
  
• Járóbeteg szakrendelő
• Egynapos Sebészeti Osztály (ESO)
• Pszichológiai Osztály
• Magasság Élettani Osztály (MÉO)
  
• Funkcionális Diagnosztikai és Fizikai Alkalmasságvizsgáló Osztály (FAVO)
• Repülőorvosi Kutató Osztály
• Klinikai laboratóriumi Osztály
  
• Képalkotó és Diagnosztikai Osztály
• Gazdálkodási Osztály IV.
  

Repülőorvosi Alkalmasságvizsgáló Osztály:

Az osztály fő profilja a repülőorvosi alkalmasságvizsgálatok végzése. A szorosabb értelemben vett szuperszonikus, szállítógép- és helikoptervezetőkön túl ide tartoznak a helikopteren és szállítógépen szolgálatot teljesítő operátorok, fedélzeti technikusok, ejtőernyősök, légiforgalmi irányítók, továbbá a repülőgép működésében nem részt vevő, fedélzeten szolgálatot teljesítők, például a MEDEVAC és a kutató-mentő szolgálat tagjai, illetve a repülőgépvezető-jelöltek. Itt történik a repülő-műszaki személyzet, a tűzszerészek szűrése és nem utolsósorban a honvédség kiemelt vezetőállományának éves egészségügyi szűrése. A polgári repüléshez szükséges egészségügyi vizsgálatok is itt történnek.

Katonai Alkalmasságvizsgáló Osztály:

Az osztály végzi a katonai szolgálatra jelentkezők, a honvédek, a honvéd tisztjelöltnek, a honvéd altisztjelöltnek jelentkezők, a honvédségi ösztöndíjasnak jelentkezők, továbbá az önkéntes tartalékos katonák, valamint a külszolgálatra jelentkező, rendvédelem állományába tartozók elsőfokú pályaalkalmasság-vizsgálatát. Itt működik a Magyar Honvédség központi egészségügyi szervezeténél működő katonai szolgálatra alkalmasság megállapítását és minősítését végző MH Elsőfokú Pályaalkalmasság-vizsgáló Bizottság.

Koordinációs és dokumentációs alosztály:

Az alosztály szervezi és koordinálja a napi vizsgálatok számát és típusát, a vizsgálatokhoz szükséges adminisztráció előkészítését és az elkészült pályaalkalmasság-vizsgálati lapok kivonatainak postázását. Nyilvántartja a keletkezett dokumentumokat és ezzel kapcsolatban adatbázist működtet. Kiemelt figyelmet fordít a különböző vizsgálati típusok lehetőség szerinti összehangolására. Jelentéseket, statisztikákat készít elő és dolgoz fel. Tervezi, szervezi és biztosítja a vizsgálatokra berendelt állomány napi vizsgálati rendjét. Munkáját az egyes osztályokkal (katonai alkalmasság-vizsgáló, pszichológiai, továbbá funkcionális diagnosztikai és fizikai alkalmasság-vizsgáló) összehangolva végzi. 

Funkcionális Diagnosztikai és Fizikai Alkalmasságvizsgáló Osztály:

Egyik fő feladata a katonai alkalmasságvizsgálatra jelentkező kijelölt személyek fizikai alkalmasságának elbírálása, ami az előírt mozgásformák (karhajlítás-fekvőtámasz, felülés, síkfutás, menet) teljesítménye alapján ergonómus szakemberek felügyelete alatt történik. Az osztály másik profilja a funkcionális diagnosztika keretében a járóbeteg-szakellátáshoz szükséges vizsgálatok (szívultrahang, terheléses EKG, ideggyógyászati, elektrofiziológiai és vérnyomás Holter) elvégzését, valamint a kardiológiai szakrendelés működését biztosítja.

Pszichológiai Osztály:

A pszichológiai osztályon folyó katonai alkalmasságvizsgálatokra katonai állományba vételnél, katonai oktatási intézményekbe és külföldi tanfolyamokra jelentkezőknél, speciális beosztásba kerülőknél (búvár, ejtőernyős, tűzszerész), külföldi katonai szolgálatra tervezett állománynál és külföldi szolgálatról visszaérkezők esetében, valamint speciális beosztású katonák (repülőhajózó-állomány, tűzszerészek, ejtőernyősök, búvárok, légiforgalmi irányítók) éves szűrésekor, és a különböző alakulatoktól érkező soron kívül kért pszichológiai vizsgálatok elvégzésekor kerül sor.  A pszichológiai alkalmasságvizsgálat a képességek, személyiség és mentális teljesítmény vizsgálata mellett kiterjed a motiváció és a pályakép feltérképezésére is. Az osztály egyéb feladatai közé tartozik a járóbeteg-ellátásban való részvétel, valamint a lőfegyver-viselési engedélyhez szükséges pszichológiai vizsgálatok lefolytatása.

Magasság-élettani Osztály és barokamra:

Végzi a repülőhajózó-állomány, a földi kiszolgáló személyzet, civil pilóták, a szakrendelők és háziorvosi körzetek által küldött polgári betegek, valamint a speciális katonaállomány non-invazív kardiológiai, terheléses EKG, szívultrahang és HOLTER, ABPM (ambuláns vérnyomásméréses) vizsgálatait. Végrehajtja a pilóták és egyéb repülőfedélzeti személyek hypoxia, nyomásváltozás kapcsán szükséges vizsgálatait, tűrőképességének magállapítását.

Járóbeteg-szakrendelések:

Széles szakmai profillal, időre történő berendeléssel, programozott vizsgálatokkal szolgálja betegeink kényelmét. A sok szakma jelenlétének és a rendelők együttműködésének köszönhetően a bekerülő betegek vizsgálat és kezelése széles tevékenységi körben, hatékonyan biztosított. Jól felszerelt rendelők és diagnosztikai egységek vesznek részt az ellátásban (egy részük csak beutalóval): Belgyógyászat, Ideggyógyászat, Gastroenterológia - Endoscopia, Rheumatológia, Radiológia, Anaesthesiológia, Általános sebészet, Fül-orr-gégészet és Audiológia, Fogászat, Bőrgyógyászat, Sebészet, Szemészet, Elmegyógyászat, Ortopédia.

Az ellátást Klinikai Laboratórium és Képalkotó Diagnosztikai Osztály (Ultrahang-diagnosztika, Röntgen) segíti. Mozgásszervi betegségek kezelésére komplex fizikoterápia (elektroterápia, gyógytorna, masszázs) áll rendelkezésre a balneoterápia mellett. Korszerű endoszkópos és laboratóriumi, illetve radiológiai diagnosztika terén az ultrahang, a röntgen és a mammographia állnak betegeink rendelkezésére. Műtét előtt álló betegeink részére teljes körű belgyógyászati kivizsgálást az anaesthesiológiai szakrendelőben végezzük kórházunk Egynapos Sebészeti Osztálya illetve társintézetek számára is. Elektrofiziológiai vizsgálatok (EEG, ENG) elvégzésére is lehetőség van. Az endoscopiás szakrendelés a korszerű gastroenterológiai vizsgálati lehetőségekkel rendelkezi.

Egynapos sebészet:

Az egynapos sebészet azt jelenti, hogy a beteg, még az altatásban végzett műtétek után is, a műtétet követő 24 órán belül, többnyire pár órás megfigyelés után, kísérővel hagyja el az intézményt, és a gyógyulás az otthonában történik. A korszerű műtéti, érzéstelenítési eljárások és eszközök használata azt eredményezi, hogy a beteg a műtét közben kisebb megterhelésnek van kitéve, és így lehetővé válik az eddig többnapos kórházi ápolási idő pár órára történő lerövidítése. Az egynapos ellátás keretében operált betegek általában már a műtétet követő 6-8 óra múlva, de mindenképpen 24 órán belül, elhagyhatják a kórházat és a gyógyulás további szakaszait saját otthonukban, megszokott környezetükben töltik. Az egynapos sebészetnek szigorú szakmai, szociális és egyéb, törvénnyel szabályozott feltételei vannak, amelyek megbeszélésére a konzultáció során kerül sor. Kórházunk sebészeti, szemészeti, bőrgyógyászati, ortopédiai, fül-orr-gégészeti ambulanciáján keresztül, fenti szakellátási profilokba tartozó sebészeti típusú ellátások elvégzésére vagyunk képesek.